10月13日，集团召开本部全体党员大会，传达学习党的十六届六中全会精神。集团党委要求各级党组织和全体党员深入贯彻落实十六届六中全会精神，推进和谐新三九的建设，充分调动广大员工的积极性，使员工能够在一个和谐的氛围中发挥个人能力，实现与企业的共同发展。

　　 1月10日，中国品牌研究院在广州发布“中国100最具价值驰名商标”排行榜，“999”商标位居药品行业第一。本次评估历时近一年，由全国30多位权威专家组成专家委员会，经过三个阶段对全国已公布的446个“中国驰名商标”进行评估而确定的。

　　 8月18日至20日，三九集团召开2006年年中工作会议。会议指出，集团资产债务重组已经到了最后的阶段，三九集团即将进入一个新的发展起点，既面临新的机遇，也面临新的危机。在这三九发展的历史转折点，集团工作重心将逐步转移到企业的效益和发展上来，把企业的发展作为工作的重中之重，作为第一要务。

　　 12月1日至3日，集团组织所属11家制药企业参加了在深圳举行的第56届全国药品交易会。集团此次参展突出“和谐、创新、效益、品牌”这一主题，在展会上树立了良好的企业形象，展示了三九品牌的影响力。三九展台吸引了众多专业人士，他们对三九产品情有独钟。很多专业人士认为，三九胃泰等三九名优产品历经二十年而不衰，三九品牌是质量的象征，三九产品是值得人们信赖的，三九品牌是值得人们忠诚的。

　　 今年1-9月，三九皮炎平、三九感冒灵、正天丸、三九胃泰等三九拳头产品销售形势喜人，其中三九皮炎平销售收入2.87亿元，三九感冒灵销售收入2.78亿元。

　　 3月，九新药业有限公司研制的新药“999螯合新泰林”获得国家知识产权局颁发的发明专利证书，产品获得为期20年的专利保护。“999螯合新泰林”是治疗革兰氏阳性菌感染的首选主导型抗生素，市场前景广阔。

　　 2006年，集团贯彻落实全国科技大会精神，坚持以建设“创新三九”为目标，加大研发投入，大力提升三九产品研发水平。集团技术中心作为集团科研开发的创新主体，坚持以市场为导向，按照新药研发发展规划，加快新产品上市步伐，增强企业自主创新能力。

　　 3月16日，中国航空港建设总公司收到国家体育总局奥运会场馆和国家队训练设施建设管理办公室发来的中标通知书，中国航空港第八工程公司在众多投标单位中脱颖而出，承揽了奥运射击中心飞碟靶场工程。这是中国航空港建设总公司承揽的第一个奥运工程项目。

　　 2月至4月，集团巡检组对21家企业进行了巡检。此次巡检的重点是：检查企业的经营情况及上次巡检发现问题的改进情况等。根据巡检结果，集团对企业2005年绩效进行了考评，并向企业公布了考核结果。

　　 2006年，集团对重大开支项目进行全过程监控和专项审计工作，对集团系统的基建工程项目开展工程决算审计。在已完成的2项基建工程决算审计中，共审减节约工程款732.4万元。在招标监督方面，集团全年共组织招标及监管工作93次。据不完全统计，2006年度共节约资金超过765万元。

　　 2006年，集团把提高精细化管理作为加强管理的一个重点，通过对管理的精细化提升管理的质量和效率，提升集团的整体管理水平。目前，“精细化”管理理念逐步为广大员工认同，体现在具体工作中，该项工作已取得了明显成效。

　　 2006年，集团加强了集约化管理，特别是对于财务管理，采取了一系列强有力的措施，通过制定和不断完善财务管理的规章制度，集团财务管理发生了根本性的变化。目前，规范化、一体化的财务管理机制已经基本形成。今后一定时期的工作中，集团将坚持以财务管理为中心，坚持财务的一体化管理，不断夯实企业的管理基础，尤其要进一步树立精细化的管理作风，切实加强精细化管理。

　　 12月21日，集团与海南省食品药品监督管理局在深圳举行情况说明会，就海南三九保健品厂有限公司冒用“三九”商号造假药一事，向媒体通报了相关情况：经调查核实，该企业是一家违规注册的私营企业，非法使用"三九"商号造假药，与三九集团没有任何关系。三九集团对此发表严正声明，保留进一步采取法律措施维护自身利益的权利。

　　 集团加强三九商标管理，打击商标侵权，维护了三九商标。2006年，集团共启动商标侵权诉讼索赔案件7起，其中“666”皮炎平侵权一审判决为300万元。同时，集团配合湖南、河北、山东、重庆等地工商部门共开展行政查处案件10起，有力地维护了三九商标。

　　 2006年，集团重点企业管理的主要任务是优化医药产业链和调整规范非医药产业。医药企业继续围绕“销售管理”和“成本控制”两个主题，落实了重点医药企业2006年的个性考核指标，并通过全面预算管理系统跟踪落实对重点医药企业年度预算执行情况的监督，确保集团主要企业利润按进度完成。

　　 2006年，集团通过签订安全责任状、组织安全突击检查、编制应急预案等具体措施，把安全指标纳入了企业生产经营目标，并在巡检过程中逐条对照检查落实，严格实行安全生产一票否决，强化安全生产管理工作。

　　 目前，三九医药工业园技术中心土建项目已经封顶，生产制造中心土建项目将于12月31日前封顶，工艺设备的招标工作正在按计划执行。按计划，三九医药工业园一期建设项目将于2007年6月30日竣工，2007年底通过GMP认证，2008年初正式投产。三九医药工业园是集研发、生产及物流配送为一体的产业基地，占地面积约11万平方米，一期建设总投资为2.66亿元，建设项目包括技术中心、生产制造中心、动力中心等，建筑面积约38340平方米。

　　 2006年，集团党委制定下发了《关于创建“四好”领导班子活动实施方案》，决定在集团和下属企业中分两个层次开展“四好”领导班子创建活动，要求各级企业领导班子努力做到：政治素质好、经营业绩好、团结协作好、作风形象好。12月8日，集团党委会传达学习了全国国有企业创建“四好”领导班子先进集体表彰暨经验交流会议精神。集团党委要求，各单位要紧紧围绕效益和发展以及构建和谐三九开展工作，建立“四好”领导班子创建活动的长效机制，把创建活动深入持久地开展下去。要积极探索坚持“党管干部”原则的新机制、新方法，大力选拔政治上靠得住、工作上有本事、作风上过得硬、职工群众信得过的优秀经营管理者，特别要选好配强各级领导干部，打造一支优秀三九人管理团队。

　　 6月30日至7月1日，集团党委组织开展了“七·一”主题党日活动，纪念中国共产党建党85周年。集团党委书记、总经理孙晓民在座谈会上作了主题讲话，号召集团广大党员和全体员工牢记党的宗旨，明确努力方向，坚定建设新三九的信心，共同建设新三九美好家园。此次活动紧密结合集团的形势，突出“坚定信心·共建家园”的内涵。整个活动由座谈会、文艺晚会和“激情沙滩”、“集体行军”四部分内容组成。

　　 12月8日，集团本部第一、第二、第三、第四党支部分别召开组织生活会。与会党员深入交流对“和谐三九”内涵的认识，探讨“和谐三九”建设的方向。大家对建设和谐三九的理念有着强烈的共鸣，一致表示，要强化大局意识，牢固树立和落实“八荣八耻”观念，从自己做起，立足本职，爱岗敬业，全力以赴地推进“和谐三九”的建设，为开创新三九的美好未来做出应有的贡献。

　　 1月初，集团党委向广大员工征求意见和建议，收到群众提出意见和建议44条。集团党委十分重视这些意见和建议，将这44条意见和建议在集团KM系统上进行了公布，并就如何更好地采纳和吸收这些意见和建议进行了研讨，对于当前能够解决的，迅速整改落实，对于当前解决还有困难的，确定努力的方向。集团党委还将整改措施进行了公示。

　　 集团和所属各企业组织开展丰富多彩的文体活动，激发了员工的精神面貌，增强了企业的凝聚力。同时，组织开展了一系列富有成效的企业文化活动，为新三九建设营造了和谐、向上的氛围。

　　 7月28日，集团党委、集团工会组织本部及驻深企业员工开展“情系灾区、奉献爱心”捐赠活动，三九人为广东等地灾区群众慷慨解囊，在短短的一、两天里，共受到集团本部及三九医药股份有限公司等10家驻深企业员工个人捐款10万余元。